霍尔无刷电机这种系统在进行程序初始化已经预先设定好一些变量，因此随着系统的初始化进行，这些变量也开始进入了初始化过程中，而且这个过程中也设计了多种中断模块的类型的初始化过程，其中系统主要设计了包括定时计数、接口、看门狗等在内的多种模块，多种模块设计的初始化具体过程则如下文所示：
1. 对时钟频率模块的初始化，在此初始化过程中的系统振动器的振荡频率的值选择，系统的时钟频率的设定值为该振动频率下的振荡周期的16倍
2. 对PWM模块进行初始化，对PWM模块进行初始化的过程中需要进行设置的主要PWM的时钟，对其方式，PWM的极性，同时还需要对占空比和载波的周期值以及使能端来进行设置。在本设计中考虑到开关管的开关频，因为将载波的频率设置。由于本设计中需要进行控制的霍尔无刷电机属于无刷直流电机，因此需要霍尔元件来对转子位置进行检测。绕组通电的顺序应该根据电机转子的位置来决定。
3. 对AD转换模块进行初始化，在本设计中的AD采样模块的主要作用就是对母线的电流和电压，机端的电流和电压及霍尔无刷电机的转速进行采样。在进行初始化的过程中主要是对采样通道和采样频率进行设置。